Melaui suatu proses penataan departemen di lingkungan IPB, Retor IPB memutuskan pembentukan departemen baru, yakni Departemen Anatomi, Fisiologi dan Farmakologi berdasarkan SK Rektor no. 001/K13/PP/2005 tertanggal 10 Januari 2005. Departemen AFF merupakan gabungan dari dua departemen terdahulu, yaitu Departemen Anatomi serta Departemen Fisiologi dan Farmakologi.